Второй отдел является самостоятельным структурным подразделением СПбГУТ и входит в состав подразделений проректора по безопасности.
Отдел организован с целью осуществления первичного воинского учета обучающихся граждан и работников СПбГУТ, бронирования граждан, пребывающих в запасе и предоставление документов для оформления отсрочки от призыва на военную службу по мобилизации и в военное время, а также взаимодействия с военными комиссариатами Санкт-Петербурга и Ленинградской области и других субъектов Российской Федерации по мероприятиям, связанных с призывом граждан на военную службу, воинским учетом и бронированием, предоставлением документов для оформления отсрочки от призыва студентам и аспирантам.
Общее руководство и координацию Второго отдела осуществляет ректор университета. По вопросам деятельности Второй отдел курирует проректор по безопасности.